Ling Deng
Lektor
- 2024
- Udgivet
Escherichia coli CRISPR arrays from early life fecal samples preferentially target prophages
Dion, M. B., Shah, S. A., Deng, Ling, Thorsen, Jonathan Jan Ilve, Stokholm, Jakob, Krogfelt, K. A., Schjørring, S., Horvath, P., Allard, A., Nielsen, Dennis Sandris, Petit, M. A. & Moineau, S., 2024, I: The ISME Journal. 18, 1, 9 s., wrae005.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Purification and Up-Concentration of Bacteriophages and Viruses from Fecal Samples
Larsen, Frej Andreas Nøhr, Jakobsen, Rasmus Riemer, Mao, Xiaotian, Castro-Mejia, J., Deng, Ling & Nielsen, Dennis Sandris, 2024, Bacteriophages: Methods and Protocols. Humana Press, s. 105-110 6 s. (Methods in Molecular Biology, Bind 2738).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt
- 2023
- Udgivet
Choice of Ultrafilter Affects Recovery Rate of Bacteriophages
Larsen, Frej Andreas Nøhr, Offersen, Simone Margaard, Li, V. R., Deng, Ling, Nielsen, Dennis Sandris & Rasmussen, Torben Sølbeck, 2023, I: Viruses. 15, 10, 12 s., 2051.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
CRISPR-Cas provides limited phage immunity to a prevalent gut bacterium in gnotobiotic mice
Rasmussen, Torben Sølbeck, Koefoed, A. K., Deng, Ling, Muhammed, Musemma Kedir, Rousseau, G. M., Kot, Witold, Sprotte, S., Neve, H., Franz, C. M. A. P., Hansen, Axel Kornerup, Vogensen, Finn Kvist, Moineau, S. & Nielsen, Dennis Sandris, 2023, I: ISME Journal. 17, s. 432–442Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The infant gut virome is associated with preschool asthma risk independently of bacteria
Rodríguez, C. L., Shah, S. A., Rasmussen, Morten Arendt, Thorsen, J., Boulund, U., Pedersen, C. T., Castro-Mejía, J. L., Poulsen, Christina Egeø, Poulsen, C. S., Deng, Ling, Larsen, Frej Andreas Nøhr, Widdowson, Michael Lawrence, Zhang, Yichang, Sørensen, Søren Johannes, Moineau, S., Petit, M. A., Chawes, Bo Lund Krogsgaard, Bønnelykke, Klaus, Nielsen, Dennis Sandris & Stokholm, Jakob, 2023, I: Nature Medicine. 30, s. 138-148 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Expanding known viral diversity in the healthy infant gut
Shah, S. A., Deng, L., Thorsen, J., Pedersen, A. G., Dion, M. B., Castro-Mejía, J. L., Silins, R., Romme, F. O., Sausset, R., Jessen, L. E., Ndela, E. O., Hjelmsø, M., Rasmussen, M. A., Redgwell, T. A., Rodríguez, C. L., Vestergaard, G., Zhang, Y., Chawes, B., Bønnelykke, K., Sørensen, S. J. & 6 flere, , 2023, I: Nature Microbiology. 8, s. 986–998Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Cesarean section induced dysbiosis promotes type 2 immunity but not oxazolone-induced dermatitis in mice
Zachariassen, L. F., Ebert, M. B. B., Mentzel, Caroline M. Junker, Deng, Ling, Krych, Lukasz, Nielsen, Dennis Sandris, Stokholm, Jakob & Hansen, Camilla Hartmann Friis, 2023, I: Gut Microbes. 15, 2, 15 s., 2271151.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The impact of storage buffer and storage conditions on fecal samples for bacteriophage infectivity and metavirome analyses
Zhai, Xichuan, Castro-Mejía, J. L., Gobbi, Alex, Aslampaloglou, A., Kot, Witold, Nielsen, Dennis Sandris & Deng, Ling, 2023, I: Microbiome. 11, 12 s., 193.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Replication Protein Rep Provides Selective Advantage to Viruses in the Presence of CRISPR-Cas Immunity
Zhang, W., Bhoobalan-Chitty, Y., Zhai, Xichuan, Hui, Y., Hansen, Lars Hestbjerg, Deng, Ling & Peng, Xu, 2023, I: CRISPR Journal. 6, 1, s. 32-42Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2022
- Udgivet
Fecal filtrate transplantation protects against necrotizing enterocolitis
Brunse, Anders, Deng, Ling, Pan, X., Hui, Y., Castro Mejia, J. L., Kot, Witold, Nguyen, Duc Ninh, Secher, Jan Bojsen-Møller, Nielsen, Dennis Sandris & Thymann, Thomas, 2022, I: The ISME Journal. 16, s. 686–694Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Donor-dependent fecal microbiota transplantation efficacy against necrotizing enterocolitis in preterm pigs
Hui, Y., Vestergaard, G., Deng, Ling, Kot, Witold, Thymann, Thomas, Brunse, Anders & Nielsen, Dennis Sandris, 2022, I: npj Biofilms and Microbiomes. 8, 1, 12 s., 48.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genome binning of viral entities from bulk metagenomics data
Johansen, Joachim, Plichta, D. R., Nissen, J. N., Jespersen, Marie Louise, Shah, S. A., Deng, Ling, Stokholm, Jakob, Bisgaard, H., Nielsen, Dennis Sandris, Sørensen, Søren Johannes & Rasmussen, Simon, 2022, I: Nature Communications. 13, 12 s., 965.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Effect of gluten-free diet and antibiotics on murine gut microbiota and immune response to tetanus vaccination
Kihl, Pernille, Krych, Lukasz, Deng, Ling, Hansen, Lars Hestbjerg, Buschard, K., Skov, Søren, Nielsen, Dennis Sandris & Hansen, Axel Kornerup, 2022, I: Plos One. 17, 4, 21 s., e0266719.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2021
- Udgivet
Enteral broad-spectrum antibiotics antagonize the effect of fecal microbiota transplantation in preterm pigs
Brunse, Anders, Offersen, Simone Margaard, Mosegaard, J. J., Deng, Ling, Damborg, Peter Panduro, Nielsen, Dennis Sandris, Sangild, Per Torp, Thymann, Thomas & Nguyen, Duc Ninh, 2021, I: Gut Microbes. 13, 1, s. 1-16 16 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2020
- Udgivet
Characterization of the Vaginal DNA Virome in Health and Dysbiosis
Jakobsen, Rasmus Riemer, Haahr, T., Humaidan, P., Jensen, J. S., Kot, Witold, Castro-Mejia, J. L., Deng, Ling, Leser, T. D. & Nielsen, Dennis Sandris, 2020, I: Viruses. 12, 10, 13 s., 1143.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Virulent coliphages in 1-year-old children fecal samples are fewer, but more infectious than temperate coliphages
Mathieu, A., Dion, M., Deng, Ling, Tremblay, D., Moncaut, E., Shah, S. A., Stokholm, Jakob, Krogfelt, K. A., Schjørring, S., Bisgaard, H., Nielsen, Dennis Sandris, Moineau, S. & Petit, M., 2020, I: Nature Communications. 11, 12 s., 378.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Bacteriophage-mediated manipulation of the gut microbiome - promises and presents limitations
Rasmussen, Torben Sølbeck, Koefoed, A. K., Jakobsen, Rasmus Riemer, Deng, Ling, Castro-Mejía, J. L., Brunse, Anders, Neve, H., Vogensen, Finn Kvist & Nielsen, Dennis Sandris, 2020, I: FEMS Microbiology Reviews. 44, 4, s. 507-521 15 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- 2019
- Udgivet
A Protocol for Extraction of Infective Viromes Suitable for Metagenomics Sequencing from Low Volume Fecal Samples
Deng, Ling, Silins, R., Castro-Mejia, J. L., Kot, W., Jessen, L., Thorsen, J., Shah, S., Stokholm, Jakob, Bisgaard, H., Moineau, S. & Nielsen, Dennis Sandris, 2019, I: Viruses. 11, 7, 10 s., 667.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Oral LPS Dosing Induces Local Immunological Changes in the Pancreatic Lymph Nodes in Mice
Kihl, Pernille, Krych, Lukasz, Deng, Ling, Kildemoes, A. O., Laigaard, A., Hansen, L. H., Hansen, Camilla Hartmann Friis, Buschard, K., Nielsen, Dennis Sandris & Hansen, Axel Kornerup, 2019, I: Journal of Diabetes Research. 2019, 9 s., 1649279.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A seed motif for target RNA capture enables efficient immune defence by a type III-B CRISPR-Cas system
Pan, S., Li, Q., Deng, Ling, Jiang, S., Jin, X., Peng, N., Liang, Y., She, Q. & Li, Y., 2019, I: RNA Biology. 16, 9, s. 1166-1178Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2018
- Udgivet
Extraction and purification of viruses from fecal samples for metagenome and morphology analyses
Castro-Mejía, J. L., Deng, Ling, Vogensen, Finn Kvist, Reyes, A. & Nielsen, Dennis Sandris, 2018, The Human Virome: Methods and Protocols. Moya, A. & Brocal, V. P. (red.). Humana Press, s. 49-57 9 s. (Methods in Molecular Biology, Bind 1838).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Erratum: Formation of a viral replication focus in Sulfolobus cells infected by the rudivirus Sulfolobus islandicus rod-shaped virus 2 [Journal of Virology, 91, 13, (2017), (e00486-17)] DOI:10.1128/JVI.00486-17
Martinez Alvarez, Laura, Deng, Ling & Peng, Xu, 1 apr. 2018, I: Journal of Virology. 92, 7, e01991-17.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Kommentar/debat › Forskning › fagfællebedømt
- 2017
- Udgivet
A type III-B CRISPR-Cas effector complex mediating massive target DNA destruction
Han, W., Li, Y., Deng, Ling, Feng, M., Peng, W., Hallstrøm, S., Zhang, J., Peng, N., Liang, Y. X., White, M. F. & She, Q., 2017, I: Nucleic Acids Research. 45, 4, s. 1983–1993 11 s., gkw1274.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Formation of a viral replication focus in Sulfolobus cells infected by the rudivirus Sulfolobus islandicus rod-shaped virus 2
Martinez Alvarez, Laura, Deng, Ling & Peng, Xu, jul. 2017, I: Journal of Virology. 91, 13, 12 s., e00486-17.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2016
- Udgivet
Major and minor crRNA annealing sites facilitate low stringency DNA protospacer binding prior to Type I-A CRISPR-Cas interference in Sulfolobus
Mousaei, M., Deng, Ling, She, Q. & Garrett, Roger Antony, 2016, I: R N A Biology. 13, 11, s. 1166-1173 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2015
- Udgivet
CRISPR-Cas adaptive immune systems of the sulfolobales: unravelling their complexity and diversity
Garrett, Roger Antony, Shah, S. A., Erdmann, S., Guannan, L., Mousaei, M., León Sobrino, C., Peng, W., Islin, S. R., Deng, Ling, Vestergaard, G., Peng, Xu & She, Q., 2015, I: Life. 5, 1, s. 783-817 35 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2014
- Udgivet
Unveiling cell surface and type IV secretion proteins responsible for archaeal rudivirus entry
Deng, Ling, He, F., Bhoobalan, Yuvaraj, Martinez Alvarez, Laura, Guo, Y. & Peng, Xu, 2014, I: Journal of Virology. 88, 17, s. 10264-10268 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A novel single-tailed fusiform Sulfolobus virus STSV2 infecting model Sulfolobus species
Erdmann, S., Chen, B., Huang, X., Deng, Ling, Liu, C., Shah, S. A., Bauer, S. L. M., León Sobrino, C., Wang, H., Wei, Y., She, Q., Garrett, Roger Antony, Huang, L. & Lin, L., 2014, I: Extremophiles. 18, 1, s. 51-60 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2013
- Udgivet
A novel interference mechanism by a type IIIB CRISPR-Cmr module in Sulfolobus
Deng, Ling, Garrett, Roger Antony, Shah, S. A., Peng, Xu & She, Q., 2013, I: Molecular Microbiology. 87, 5, s. 1088-1099 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Novel insights into gene regulation of the rudivirus SIRV2 infecting Sulfolobus cells
Okutan, E., Deng, Ling, Mirlashari, S., Uldahl, K., Halim, M., Liu, C., Garrett, Roger Antony, She, Q. & Peng, Xu, 2013, I: R N A Biology. 10, 5, s. 1-11 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2012
- Udgivet
Modulation of CRISPR locus transcription by the repeat-binding protein Cbp1 in Sulfolobus
Deng, Ling, Kenchappa, C. S., Peng, Xu, She, Q. & Garrett, Roger Antony, 2012, I: Nucleic Acids Research. 40, 6, s. 2470-2480 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A synthetic arabinose-inducible promoter confers high levels of recombinant protein expression in hyperthermophilic archaeon Sulfolobus islandicus
Peng, N., Deng, Ling, Mei, Y., Jiang, D., Hu, Y., Awayez, M., Liang, Y. & She, Q., 2012, I: Applied and Environmental Microbiology. 78, 16, s. 5630-5637 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2011
- Udgivet
Development of genetic systems for Sulfolobus and studies on its CRISPR DNA/RNA targeting systems.
Deng, Ling, 2011Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapport › Ph.d.-afhandling › Forskning
- Udgivet
CRISPR-based immune systems of the Sulfolobales: complexity and diversity
Garrett, Roger Antony, Shah, S. A., Vestergaard, G. A., Deng, Ling, Guðbergsdóttir, S. R., Kenchappa, C. S., Erdmann, S. & She, Q., 2011, I: Biochemical Society Transactions. 39, 1, s. 51-57 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Deletion of the topoisomerase III gene in the hyperthermophilic archaeon Sulfolobus islandicus results in slow growth and defects in cell cycle control
Li, X., Guo, L., Deng, Ling, Feng, D., Ren, Y., Chu, Y., She, Q. & Huang, L., 2011, I: Journal of Genetics and Genomics. 38, 6, s. 253-9 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
ID: 33281215
Flest downloads
-
329
downloads
CRISPR-Cas adaptive immune systems of the sulfolobales: unravelling their complexity and diversity
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
131
downloads
A Protocol for Extraction of Infective Viromes Suitable for Metagenomics Sequencing from Low Volume Fecal Samples
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
124
downloads
A type III-B CRISPR-Cas effector complex mediating massive target DNA destruction
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet